Colecţia Drapele şi stindarde cuprinde 10 826 de  obiecte, fiind  cea mai importantă de acest gen din ţară. Ea s-a constituit în mai multe etape, într-un proces care s-a desfăşurat pe o durată de mai bine de un secol. Colecţia cuprinde drapele şi stindarde româneşti şi străine care se pot împărţi în: stindarde / drapele militare româneşti (toate drapelele şi stindardele armatei române de la 1834 până astăzi, drapele ale unor organizaţii cu caracter militar, pavilioane regale, fanioane, flamuri, jaloane, drapele folosite la încoronarea  regelui Ferdinand şi a reginei Maria în 1922 la Alba Iulia, cópii şi reconstituiri după diferite modele de drapele româneşti, accesorii pentru drapele etc), steaguri şi fanioane străine.

În colecţie se află drapelul cu însemnele domnitorului Constantin Ipsilanti, datând de la începutul secolului al XIX-lea, primele drapele militare instituite de Mihai Sturdza în Moldova şi Grigore Dimitrie Ghica în Ţara Românească la 1834, apoi cele ale lui Barbu Ştirbei, Grigore Alexandru Ghica, Alexandru Ioan Cuza, Carol I, Ferdinand I, Carol II, Mihai I şi numeroase drapele străine (otomane, austro-ungare etc.).

Printre cele mai valoroase piese ale acestei colecţii se numără: